总体而言，设立分公司及设立子公司进行税收筹划，增值税部分均遵循就地缴纳原则，因此主要差别在于企业所得税部分。

设立分公司情形下，总公司与分公司所得税分摊各50%，在仅设立一家分公司的情形下，分公司分摊部分可以最高可达总分公司应纳税总额50%，可以最大限度享受分公司当地税收优惠政策，但因新设分公司当年不就地分摊企业所得税，须一个会计年度后方能享受税收优惠政策。如果设立多个分公司，则可以在多地享受税收优惠政策，并根据当地政策力度有意识增加该地分公司分摊企业所得税的比例，以实现最大化税收筹划效果。

设立子公司情形下，如设立全资子公司以从母公司购销开展业务，根据独立核算原则，子公司可最大限度分摊企业所得税以享受子公司所在地税收优惠政策，但涉及税源重大变化，可能需要与原税务主管部门协调税源迁出事宜，且需子公司取得承接母公司业务所必需的资质。

一、企业所得税的缴纳分配

根据40号文及57号文的规定，跨地区设立不具有法人资格的分支机构的纳税居民企业为“跨地区经营汇总纳税企业”，其总分机构缴纳企业所得税，实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”原则。具体如下：

1、企业应统一计算总公司和分公司全部应纳税总额，作为总公司和分公司在各自所在地缴纳分配的基数；

2、总公司和分公司分别由其所在地税务机关监管，总公司与分公司当期应纳税额地方分享部分的25%在总公司所在地申报、预缴，50%在各分支机构所在地申报、预缴，25%按一定比例在各地间进行分配。各分支机构分摊按照营业收入0.35、职工薪酬0.35、资产总额0.3的权重进行分配。其中：

（1）总机构应缴纳部分（总机构所在地）如下（25%+25%）：

A．总机构就地预缴税税款=统一计算的当期应纳税所得税额×25%
B．总机构预缴中央国库税款=统一计算的当期应纳税所得税额×25%

（2）各分支机构应缴纳部分（分支机构所在地）如下（50%）：

C．各分支机构分摊预缴额=所有分支机构应分摊预缴总额×该分支机构分摊比例
C1．所有分支机构应分摊预缴总额=统一计算的当期应纳税所得税额×50%；
C2．该分支机构分摊比例=该分支机构营业收入/各分支机构营业收入之和×0.35+该分支机构职工薪酬/各分支机构职工薪酬之和×0.35+该分支机构资产总额/各分支机构资产总额之和×0.3

综上，总公司和分公司的企业所得税缴纳分配关系如下表所示。



（其中，各公司分配比例如上C2部分所示）

3、此外，上述分支机构是指企业设立的具有主体生产经营职能的二级以上分支机构，即汇总纳税企业依法设立并领取非法人营业执照或登记证书，且总机构对其财务、业务、人员等直接进行统一核算和管理的分支机构。三级及以下分支机构，统一并入二级分支机构计算。如果以总机构名义进行生产经营的非法人分支机构，无法提供汇总纳税企业分支机构所得税分配表，也无法提供相关证据证明其二级及以下分支机构身份的，应视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税。

4、以下分支机构二级分级机构不就地分摊缴纳企业所得税：

（1）不具有主体生产经营职能，且在当地不缴纳增值税、营业税的产品售后服务、内部研发、仓储等汇总纳税企业内部辅助性的二级分支机构；

（2）上年度认定为小型微利企业的二级分支机构；

（3）新设立的二级分支机构，设立当年不就地分摊缴纳企业所得税；

（4）当年撤销的二级分支机构，自办理注销税务登记之日所属企业所得税预缴期间起，不就地分摊缴纳企业所得税；

（5）汇总纳税企业在中国境外设立的不具有法人资格的二级分支机构。

5、根据《企业所得税法》第五十一条规定，非居民企业在中国境内设立两个或者两个以上机构、场所的，经税务机关审核批准，可以选择由其主要机构、场所汇总缴纳企业所得税。因而非居民企业不存在总公司与分公司所得税缴纳分配问题。列明的国有邮政企业等企业所得税全部为中央收入，不区分总分公司。

二、增值税的缴纳分配

根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第二十二条第（一）项的规定，固定业户应当向其机构所在地的主管税务机关申报纳税。总机构和分支机构不在同一县（市）的，应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税。

因此，总公司和分公司的增值税一般情况下就地向其各自所在主管税务机关申报纳税，只有经国务院财政、税务主管部门或者其授权的财政、税务机关批准，才可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。

三、设立子公司或分公司进行税收筹划的对比

因子公司具有独立法人地位，依法独立核算，因此子公司情形下所得税、增值税均就地申报缴纳。因此，设若利用在税收优惠地设立分公司或子公司进行税务筹划，则对比如下表所示。



总体而言，设立分公司与设立子公司进行税收筹划，主要区别在于企业所得税问题。设立子公司进行税源转移，可能需要与原税源地税务部门进行沟通协调，设立分公司虽然当年无法在分公司所在地纳税以享受当地税收优惠政策，但未来可以在届时可能存在的其他税收优惠地设立其他分公司，并根据所在地优惠政策有意识倾斜该地分公司所得税分摊比例，以达到最大税收筹划效果。